Der FC Carl Zeiss Jena e.V. legt ein hohes Augenmerk auf die professionelle Ausbildung junger Nachwuchsspielerinnen und -spieler. Maßgeblich dafür sind das Leitbild und Zukunftskonzept des Vereins. Das Leitbild definiert: „Der FCC ist ein Ausbildungsverein und arbeitet konsequent nachwuchsorientiert mit dem Ziel der nachhaltigen Stärkung des Nachwuchsleistungszentrums, um regelmäßig Juniorenspieler in den (…) Lizenzspielerbereich zu integrieren.“ Die Nachwuchsarbeit des FCC ist im Nachwuchsleistungszentrum verortet. Dort spielen über 300 Spielerinnen und Spieler in zehn Junioren-Teams von der U10 bis zu U21 und in fünf Juniorinnen-Teams von der U12 bis zu U21. Flaggschiff ist die U19-Mannschaft, die in der A-Junioren-Bundesliga Nordost kickt. Doch auch die C-Junioren-Teams des FCC sorgen sportlich für Furore. Während die U15-Mannschaft in der höchsten Liga ihrer Altersklasse, der Regionalliga Nordost, spielt, nimmt die U14 am höchsten Verbandswettbewerb Thüringens teil. Auf dem 34. Internationalen Karl-Schnieke-Turnier darf das Können der U14-Spieler endlich wieder auf dem Hallenboden bestaunt werden.
